Glede godine rođenja sv. Marka postoje mnogi prijepori u hrvatskoj historiografiji. Tako F. Rački piše: "Imao se roditi okolo godine 1580. jer iza početnih škola valjda u Hrvatskoj svršenih, nađemo ga u Beču u latinskih učionah, gdje kano mladić god. 1593. bio upisan u bratovštinu bl. Gospe." Karlo Horvat takoder uzima g. 1580. kao godinu rođenja sv. Marka: " Iza njega dolazi svjedok Teodor Ordody, kanonik ostrogonski, opat sv. Egidija od Koprivnice, starac od 61. godine. Pročitao je dvadeset i osam pisaca, što govore o mučenicima košičkim. Izjavljuje, da se blaženi Marko rodio 1580. u Križevcima u Hrvatskoj." Medutim ni sam Horvat nije siguran pa nešto dalje piše: "Godina njegova rođenja točno se ne da opredijeliti. Po svemu onom, što se danas znade, uzimlje se da se rodio oko godine 1580." No danas se skoro sa sigurnošću može reći da se rodio 1588. g. Podatak o tome nalazimo u popisu odgajanika papinskog Germansko - ugarskog zavoda pod naslovom "Nomina Alumnorum Collegii Germanici et Hungarici ab. an. 1552." U tom katalogu odgajanika piše da je Marka u Zavod uputio otac Grgur Rumer u 23. godini života, a u Zavod je stu pio 1. studenog 1611. Te podatke prvi je koristio životopisac svetih mučenika Nicola Anggelini u djelu "I Beati can Marco Stefano Crisino padro Stefano Pongrecz et Melchiore" Tome se priklanjaju i noviji pisci Danijel Labaš i Ćiril Petešić, dok se Rajmund Ondruš ne odlučuje ni za jednu godinu: "Njegovo je ime izvedeno iz imena hrvatskog grada Križevaca - sjeveroistočno od Zagreba, gdje se Marko rodio 1588. ili 1589."

 

Osim rasprave o godini rođenja, vođena je još teža rasprava o njegovoj domovini, početkom stoljeća, kad su Madari u općoj težnji madarizacije (1903. g.) željeli posvojiti sv. Marka. Hrvatsko podrijetlo neosporno je dokazao Janko Barle u svojoj raspravi "Domovina Marka Križevčanina" Prvo spominanje hrvatskog podrijetla sv. Marka dogodilo se već g. 1628. Naime, ostrogonski nadbiskup Petar Pazmany zamolio je papu Urbana VIII. da prenese ostatke mučenika u svoju stolnu crkvu. Tu akciju su podržali i hrvatski velikaši: Nikola Eszterhazy, Krsto Banffy, Nikola Frankopan, Nikola Forgach, Žiga Erdödy, Ivan Palffy, Daniel Eszterhazy i Stjepan Patačić, koji u svojoj molbi od 25. rujna 1628. pišu za sv. Marka da je rodom Hrvat (genere Croata). Svetog Marka spominje i Andrija Kačić Miošić u Razgovoru ugodnom naroda slovinskog:
"Veliki sluga božji Marko Krizin u Hervatskoj zemlji rođen, a od heretikah mučen na 1619."
A Kačić se pak poziva na djelo Juraja Ratkaya: "Georg Patačić in gloria collegii Bononiensis." U osamnaestom stoljeću o svetom Marku i njegovoj domovini piše pavlinski povjesničar Nikola Benger u svojem djelu "Menologium Illyricanum":
"Časni sluga božji Marko Križevčanin rodio se u gornje-slavonskom (i općenito već zvanom hrvatskom) kraljevskom gradu Križevcima, po kojem se nazivao, od pobožnih katoličkih roditelja oko godine Gospodnje 1580. i kako se drži, isprošen uz posebnu zaštitu Djeve Bogorodice: pa je uvijek živio najusrdnije ju štujući."
O hrvatskom podrijetlu takoder svjedoči u svojem Rječniku Andrija Jambrušić gdje pod pojmom Crisium piše: "Patria est Marci Crisini, Cannonici Strigoniensis, qui pro defensione Fidei Catholicae ab haereticis. Cassoviae in superiori Hungaria palmam Martyrii obtinuit: ad ejus seppulcrum in templo sanctimonialium S. Clare Turnaviae concentus angelicus persaepe auditis a fide dignis fertur."
Slično govori i A. Krčelić u svojoj Povijesti zagrebačke crkve: "Marcus attamen Crisius, Crisium Sclavniae Civitatem habens patriam, et Bonnoniense collegium scholam, Canonicus Strigoniensis."
No svakako najvažniji dokument za dokaz hrvatskog podrijetla sv. Marka su dva rukopisa pisana Markovom rukom u Germansko ugarskom zavodu.

"Ja Marko Stjepan Križevčanin, Hrvat iz zagrebačke biskupije, čitao sam bulu ustanova kolegija germanskog, izdanu god. 1584. od NJ. Sv. G. blage uspomene Gregorija XIII. Čitao sam i sva pravila kolegija, u kojem poteškoće nikakve ne nalazim i Božjom ću ih milosti nastojati držati.
Dana 16. studenoga godine 1611. Ja isti koji gore Marko Stjepan Križevčanin.
Osim ovog najjačeg i nepobitnog dokaza postoji još jedan u katalogu spomenutog kolegija, gdje je Marko svojeručno napisao prisegu koja takoder dokazuje da je sv. Marko bio Hrvat. Prisega naime započinje:
"Ja Marko Stjepan Križevčanin, zagrebačke biskupije, razumjevši"

 

Svakako je potrebno riješiti još jednu dvojbu vezanu uz prezime sv. Marka. Za to će nam poslužiti istraživanje koje je izvršio nadbiskup Josip Posilović prigodom beatifikacije sv. Marka. Posilović polazi od pretpostavke da pridjevak Crisinus ne dolazi od grada Križevaca kako se to mislilo (neki kao gore spomenuti R. Ondruš i danas zastupaju tu tezu), nego potječe od njegove obitelji i daje polatinjeno. Nakon konzultacije s povjesničarom Tkalčićem utvrdio je da riječ Križevčanin ili križevački u latinskom jeziku ne dolazi kao Crisinus nego uvijek kao Crisiensis. No Tkalčić je držao da Crisinus nije polatinjeni hrvatski pridjevak. Posilović piše o tome:
"A u Crisinus da je polatinjen kakov hrvatski pridjevak, to da ni pošto ne može biti, jer da bi moralo onda stojati ne Crisinus, nego Crisanus, kako je u listinama vrlo obično."
Ovo Posiloviću nije bilo dovoljno, pa je tražio pomoć od kardinala Steinhubera koji je upravo pisao povijest zavoda Germanikum. Kardinal mu je odgovorio da dijeli njegovo mišljenje tj. da ime Crisinus potječe od obitelji i da je polatinjeno te da potraži nove informacije u Grazu. Posilović se nakon toga obratio vojnom svećeniku Karlu Budancu. Ovaj mu je od dr. Ferdinanda Eichlera poslao ovaj dokument: "Anno MDCX die 10 Martij Physici" Marcus Crisinus Croata Crisiensis dein Canon Strigon (Agriens) et Martyr Cassw. 1619. Concordat cum orginali in pagina 26. Munuscriptorum III/58. c.r. Univerersitstis Graecensis in Styria. Graz 11. juli 1904. "
Posilović je ovim potvrdio svoju tezu i nastavio dalje istraživati. Nakon toga odlazi u križevački Arhiv i Župni ured, ali tamo ne nalazi prezimena, jer je Arhiv izgorio 1848., a matica krštenih postoji tek od 1689. g."" Nakon Posilovićevog bilo je još takvih pokušaja kao npr. onaj Velimira Deželića iz 1935. g. gdje zastupa tezu da je prezime Markovih roditelja Stjepan ili Štefan. Novije istraživanje izvršio je Ć. Petešić. On je nakon pregleda dotadašnjih istraživanja, obavljenih vlastitih istraživnja u Arhivu Hrvatske, kao i na temelju literature, na kraju se priklonio Posilovićevoj tezi:
"Na kraju ove rasprave o prezimenu Marka Križevčanina treba priznati da je prema svemu iznesenom nadbiskup Juraj Posilović bio u pravu kada je u tekstu "Marcus Crisinus Croata Crisiensis" uočio prezime Marka Križevčanina u izrazu Crisinus" No bilo kako bilo sigurno je da se Marko na većini dokumenata potpisuje kao Crisinus, pa bi to trebalo uzeti kao relevantno prezime bez obzira na njegovo podrijetlo.

 

Neki životopisci spominju (pomalo romansirajući život sv. Marka) da su ga nakon rođenja njegovi roditelji zagovorili Blaženoj Djevici Mariji, što će kasnije odrediti njegov životni put. Prvu naobrazbu Marko Križevčanin je najvjerojatnije dobio u osnovnoj školi u Križevcima. Poslije završene osnovne škole roditelji su Marka poslali u poznatu isusovačku gimnaziju u Beč, gdje je proveo šest godina. Neki pisci smatraju da je odmah poslan u Beč (npr. K. Horvat). U Beču je 1678.g. izašla knjiga "Saeculum Marianum" (Vijek Marijin.) U toj knjizi se spominje daje Marko Križevčanin upisan u Kongregaciju Marijinu 17. veljače 1593. g. Postavlja se pitanje: da li je Marko stvarno s pet godina primljen u Kongregaciju ili se pak radi o pogrešci kako to misli Angelini. Roditelji su mislili da će se Marko posvetiti vojničkom pozivu poput njegova oca. No ni ovdje se historičari ne slažu; neki smatraju daje odmah otišao na školovnje u Graz ( K. Horvat) a drugi daje neko vrijeme radio u vojničkoj službi (npr. F. Rački).
U Grazu je Marko upisao filozofiju i fiziku. U Kongregaciju Marijinu bijaše upisan 26. kolovoza 1607. g. Horvat piše da je Marko bio izvrstan student te da je 20. ožujka 1609. g. proglašen magistrom. No u popisu studenata Sveučilišta u Grazu, što ga je objavio F. Fancev spominje se 15. veljače 1610. Nakon ovih studija Marko na preporuku isusovca G. Rumera odlazi na bogoslovne studije u Germansko -ugarski zavod u Rim.
U arhivu Germansko -ugarskog zavoda nalazimo podatke o Markovu napredovanju. U Zavod je primljen 16. studenog 1611. g. Iduće godine 1612. točnije 22. prosinca primio je "tonzuru" (prvo šišanje), 13. ožujka 1613. primio je red "vratara" (ostiarat); iste godine 1. lipnja prima red "čitača" (lektorat); 21. rujna red "zaklinjača" (egzorcistat) i 21. prosinca te godine red poslužitelja (akolikat). Slijedeće godine 1614. dana 15.ožujka zaredio ga je za podđakona biskup Cezar Fideli, a 20. rujna za đakona; za svećenika ga je zaredio biskup Ulpiano Vulpio 4.travnja 1615. g. Sve redove je primio u Lateranskoj crkvi u Rimu. U katalog je kraj njegovog imena upisano "bene se gesssit" tj. dobro vladanje. Poslije završenih bogoslovnih studija Marko Križevčanin se vraća 11. rujna kao mladi svećenik u domovinu.

 

Marko Križevčanin se, dakle, vraća u domovinu i to u svoju Zagrebačku biskupiju. Vjerske prilike u Hrvatskoj krajem 16. st. nisu bile baš najbolje. Naime u to vrijeme dolazi do prodora protestantizma iz Njemačke preko Kranjske i Koruške posredstvom vojnika i trgovaca. Protestantizam se osobito proširio u Istri i na Kvarnerskim otocima. Odatle i potječu najznačajniji predstavnici protestantizma: Matija Vlačić Ilirik, Petar Pavao Verglije, Antun Dalmatin, Markatun de Dominus i dr. U Hrvatskoj u to vrijeme bjesni građanski rat izmedu Ferdinandovih i Zapoljinih pristalica.
Protenstantizam je najviše uspjeha imao u Slavoniji i to u okolici Valpova i Vukovara. No borba protiv protestanata je bila oštra pa tako zagrebački biskup Šimun Erdödy javlja papi Klementu VII. da se "energično i bezobzirno opire luteranizmu", jer bi u protivnom "veći dio svećenstva njegove biskupije već bio zaražen tom nadasve pogubnom sljedbom. nom sljedbom." Protestanti nalaze podršku u zapovjedniku Hrvatsko - slavonske krajine barunu Ivanu Ungandu. Biskup je mislio da će taj problem riješiti na sinodi 1535. g; no to nije išlo tako lako. Hrvatski biskup Juraj Drašković sudjelovao je u radu Tridentskog koncila, gdje zastupa kralja Ferdinanda I. i bori se za uređenje crkvenih prilika u Hrvatskoj. Hrvatski sabor nije prihvatio zakon Rudolfa II. kojim se može slobodno ispovijedati protestantizam (1606. g.). Osim zakona iz 1608. g. kojim se brani hereticima boravak u Hrvatskoj, Hrvatski sabor je pozvao isusovce u Zagreb da svojim kulturnim i vjerskim djelovanjem suzbiju protestantizam. Podatke o Markovom svećeničkom radu u domovini nemamo, no sigurno je da je taj posao obavljao savjesno, jer se glas o njegovom radu brzo proširio .