Na početku 16. st. Ijudi su ozbiljno počeli razmišljati o reformi crkve. Bilo je mnogo onih koji su smatrali da je politički vladar pojedine zemlje odgovora za vjerski život svog naroda, a ne papa.
Narodni jezici postali su mnogo važniji od sveopćeg latinskog pa se književni i znanstveni radovi počinju pisati na narodnom jeziku. Do ideje o reformaciji došao je najprije Martin Luther.
Martin Luther (1483.-1546.), rođen je u Eislebenu, bio je sin rudara te je odrastao u građanskoj obitelji. Godine 1501. došao je na Sveučilište u Erfurt, gdje je 1505. postao magistrum artium.
Zatim po očevoj volji odlazi studirati pravo, ali iste godine stupa u red augustinaca. Godine 1507. zareden je za svećenika, a od 1508.g. predaje moralnu filozofiju na Teološkom fakultetu u Erfurtu. Godine 1508/9 proveo je u Wittenbergu. Neko vrijeme boravi u Rimu da bi 1511.g. postao profesor biblijske egzegeze. Godina 1517. prijelomna je u njegovu životu, ali i povijesti Katoličke crkve. Luther je 31. listopada na vrata dvorske crkve u Wittenbergu izvjesio 95 teza o indulgencijama, dogmama i uređenju Katoličke crkve.
Papa Leon X. (1513.-1521.) je bulom osudio njegovo učenje 1520. godine. Međutim Luther se nepokorava nego odgovara s tri spisa papi: (Kršćanskom plemstvu njemačkog naroda, Babilonsko sužanjstvo crkve, Sloboda kršćana). U prosincu 1520. u Witttenbergu je spalio bulu kojom mu papa prijeti izopćenjem. U siječnji 1521. g. papa ga je izopćio. Karlo V. pozvao je Luthera na sabor u Worms da opozove svoje učenje. Rasprava u Wormsu održana je 17. travnja; Luther je izjavio da ne priznaje odluke pape ni koncila, nego samo priznaje svjedočanstvo Svetog Pisma. Također je naglasio da ne želi povući svoje naučavanje.
Karlo V. izdaje Wormski edikt 8. svibnja kojim Luthera i njegove pristalice stavlja izvan zakona. Za to vrijeme Luther prevodi Bibliju. U Njemačkoj je nastao opći metež. Najveći 1525. kada su seljaci započeli svoj rat. Međutim Luther se stavlja na stranu knezova i vlasti. Luther se nalazi pod zaštitom Fridricha Mudrog. Na Saboru u Augsburgu 1530. g. njegovo učenje je formulirao Melanchthon u spis pod nazivom "Confessio Augustana". Na saboru se pokušalo spasiti jedinstvo Crkve pa je tako Melanchthon pisao: "Ovo je u cjelini katolički nauk; kako se vidi, nema ništa što bi odstupilo od Pisma ili Katoličke odnosno Rimske crkve, koliko nam je to iz pisaca poznato." Spor se ne tiče vjerovanja, nego nekih zahtjeva za reformom; kao npr. pričešćivnje laika pod objema prilikama, uklanjanje plaćenih i privatnih misa, prisilne ispovijedi, redovničkih zavjeta i dr. Na kraju rasprave ostalo je sporno još samo pet točaka: laička pričest iz kaleža, svećenički brak, redovnički zavjeti, vraćanje dobara koje su zauzeli protestanti i žrtveni značaj mise.
Katolička crkva nije još imala snage da se obračuna s reformatorima. To će moći tek na Tridentskom saboru. No usprkos tome jedinstvo nije postignuto, ali sam Luther je bio protiv nekih stavova iako će Augsburška konfesija biti prihvaćena kao službena vjeroispovijed Evangeličke crkve. Nakon što je buknula nova pobuna knezova (Moirtz Saski) Karlo V. više nije imao snage da se bori protiv Luthera. Godine 1555. u Augsburgu potpisan je mir po kojem je priznata ravnopravnost protestantima. Pokrajinski vladari mogu slobodno na svojem teritoriju odredivati vjeroispovijed (cuius regio, eius religio).

 

Sukob izmedu Franje I. i Karla V. neprekidno traje. I u trećem ratu (1536.-1538.) Karlo je izišao kao pobjednik. Nakon što je uzaludno pokušavao riješiti vjersko pitanje u zemlji (sabori u Hagenau, Wormsu i Regensburgu) činilo mu se da je sada povoljan trenutak za sazivanje sabora. I konačno ga papa sazove na Karlovo navaljivanje za 29. lipnja 1542. u Tridentu. Medutim Franjo I. je po četvrti put navijestio rat. Rat je opet završio Karlovom pobjedom 1544. g. Papa Pavao III. sazvao je Sabor u Tridentu za 15. ožujka 1545. Sabor je započeo tek 13. prosinca 1545. g. a došao je samo 31 saborski otac. Na Saboru se raspravljalo o pitanjima discipline u crkvi i dogmatskom pitanjima.
Prvo razdoblje zasjedanja (1545.-1548.).
Zaključeno je da se ne treba ograničavati na Bibliju kao jedini izvor vjere, zatim se raspravljalo o sakramentima krštenja i potvrde. Sabor je prekinut zbog rata i bolesti koja je zaprijetila Tridentu. Sabor je nastavljen u Bologni. Nakon toga došlo je do sukoba izmedu Karla V. i pape Pavla III. zbog posjeda u Italiji. Kako je papa Pavao III. umro, to je utjecalo na slabljenje antagonizma izmedu Karla V. i Svete Stolicie.
Drugo razdoblje zasjedanja (1551.-1552.)
Novi papa Julije III. otvorio je nastavak sabora 1. svibnja 1551. g. u Tridentu. Definirano je da u euharstiji postoji stvarna prisutnost i transsupstancija. Odredeni su i sakramenti pokore i bolesničkog pomazanja. Na Saboru su se pojavili i protestanti, medutim papa je zabranio pregovore s njima.
Treće razdoblje zasjedanja (1561.-1563.)
Objavljeni su dekreti o ženidbi koja je valjana samo ako je sklopljena pred župnikom i dva svjedoka, dekret o čistilištu, oprostu, štovanju svetaca i relikvija.
Bitne odredbe koncila odnose se na:
1 ) Bibliju,
2) Sakramente
- Službeni prijevod Biblije koji katolici upotrebljavaju jest Jeronimov prijevod na latinski iz 4. st., Vulgata
- Biblija uključuje apokrife tj. knjige i dijelove knjiga koje se nalaze u grčkom prijevodu Starog zavjeta
- Bibliju valja uvijek tumačiti u skladu s naučavanjem Crkve.

Koncil proglašava samog Krista ustanoviteljem svih sedam sakramenata. Potvrđuje nauk o transsupstanciji i izjavljuje da se pričest mora shvatiti kao žrtva.
Na papinsku stolicu dolazi Pio V. (1566.-1572.) Nakon dugo vremena pojavio se papa koji je imao duh asketizma. On sa velikom upornošću provodi odluke Tridentskog koncila. Njegovo djelo nastavili su Grgur XIII. (1572.-1585.) i Sikso V. (1585.-1590.) Klement VIII. (1592.-1605.) izdaje revidiranu Vulgatu i uspijeva od država dobiti priznanje odluka Tridentskog koncila. Međutim odlukama Tridentskog koncila sukob se nije završio nego je tek započeo jer započinje tridesetogodišnji rat.

 

Rudolf II. dao je slobodu vjeroispovijedi carskim pismom 1606. g. Njegovo ispunjenje nadgleda deset branitelja vjere (protestanata). Istovremeno car Matijaš nastoji što više centralizirati vlast. U svibnju 1618. g. branitelji vjere sazivaju protestante u Prag zbog nekog manjeg sukoba. Skup protestanata pretvara se u u pobunu protiv regentskog savjeta, a dva plemića katolika izbačena su kroz prozor (23. svibnja). Jedan od izbačenih je bio Martinec Jaroslav, koji je ostao živ i uspio se vratiti u Prag. Sljedeće godine poslije smrti cara Matijaša, protestantski staleži Češke ne žele priznati novog nasljednika Ferdinanda. Oni biraju za kralja jednog njemačkog kneza protestanta, kalvinista Fridricha V. koji je okrunjen u Pragu. Fridrich je u Njemačkoj bio voda Evangelističke unije, koju su protestantski knezovi osnovali 1608. g. Prihvaćajući ponudu Čeha, usprkos oklijevanju drugih kneževa koji su mu saveznici, on je napao Ferdinanda II. Habsburškog, rimsko-njemačkog cara, i ponovo dovodi u pitanje Augsburški mir i uspjeh protureformacije. Za Ferdinanda je ugušenje ustanka u Češkoj prije svega stvar unutarnje politike. Osim toga to bi mu dobro poslužilo za ponovno uspostavljanje carske vlasti u Češkoj, a pored toga za njega, kao uvjerenog katolika, to bi bilo ponovno učvršćivanje katoličke vjere.
Na čelu protestanata u Pragu nalazi se grof Heinrich Thurn; pobunjeno češko plemstvo je organiziralo direktorij od trideset članova, a za zapovjednika vojske postavljen je Thurn. On je uspio skupiti vojsku od 16.000 Ljudi, dok je carska vojska imala samo 6.000 vojnika. Njemački katolički kneževi, prvenstveno vođa katoličke lige Maksimilijan Bavarski, osnovane 1609. g., bili su suzdržani glede obnove carske vlasti i ne žele odmah pristati uz cara. Prva faza rata pripala je protestantima. Nakon što su nanijeli nekoliko poraza carskoj vojsci u rujnu 1618. g. ušli su u područje južne Češke, a prvih mjeseci 1619. g. došli su do predgrađa Beča. Medutim ustanici nisu iskoristili taj uspjeh i zauzeli Beč, jer medu njima nema jedinstva i dovoljno borbenog morala, a na početku malobrojna carska vojska nije mogla preuzeti inicijativu.
Češkoj su prišle Moravska i Šlezija, a osobito značajan uspjeh Čeha bio je pridobivanje E. Mansfelda. Medutim Protestantska unija nije se priključila ustanicima. Habsburgovci su imali više uspjeha u prikupljanju saveznika; na njihovoj strani je čitava Katolička unija. Sredinom 1620. g. car je počeo operacije protiv ustanika. Njemačke, carske i bavarske snage, jačine od 28.000 ljudi na čelu s Tilijem upućene su na Prag. Razjedinjene snage ustanika, oko 21.000 ljudi nisu mogle pružiti jači otpor. Do odlučujuće bitke došlo je kod Bijele Gore nedaleko Praga. Česi su pretepjeli poraz, a carske trupe su ušle u Prag. Do ožujka 1621. ustanak je potpuno slomljen. U ovom prvom razdoblju tridesetogodišnjega rata zbili su se događaji u kojima je mučeničku smrt podnio naš sv. Marko Križevčanin.