Poslije boja na Mohačkom polju 29. VII. 1526. gdje je poginuo kralj Ludovik II., na bojnom polju ostali su mnogi velikaši i biskupi Ugarske, pala je istočna Slavonija, gradovi uz Dunav: Erdut, Ilok, Dalj, Borovo, Osijek. Na Mohaču su poginula 2 nadbiskupa i 5 biskupa. Nakon toga nastupa građanski rat između pristalica Ivana Zapolje i Ferdinanda I. Banovi Karlović i Baćan sazivaju Sabor u Križevcima i većina je na strani Ferdinanda, osim biskupa Šimuna Erdodyja, Ivana Taha i Ivana Banfija. Zapoljina vojska je doživjela poraz kod Tokaja, a biskup Podmanicki kruni u Biogradu Ferdinanda za kralja. Godine 1528. Zapolja sklapa prijateljstvo s Turcima i vraća se u Ugarsku što izaziva novi građanski rat u Hrvatskoj. Sulejman II. polazi 1529. g. s velikom vojskom na Beč, ali bez uspjeha. Po povratku pljačka Štajersku i Hrvatsku i Zapolju proglašava kraljem Ugarske. U Križevcima 1530. g. Š. Erdody saziva Sabor, priznaje Zapolju za kralja, a sebe proglašava banom. Ovakav kaos u Hrvatskoj koriste Turci i napadaju Hrvatsku u Slavoniji i iz Bosne. Nakon što je propao pokušaj izmirenja dvaju kraljeva Turci poduzimaju novi vojni pohod prema Beču. U tome ih je spriječio Nikola Jurišić pobjediši kod Kisega 1532. g.

 

Ferdinad i dalje ništa ne poduzima za obranu, nego je čak raspustio vojsku i 1533. potpisao mir. Ovo je omogućilo Turcima da 1537. g. zauzmu Požegu. U južnoj pak Hrvatskoj pao je Klis, a s njime i čitava južna Hrvatska. Ferdinand postavlja za zapovjednika Ivana Katzianera, ali je ovaj ubrzo poražen kod Gorjana. Nakon toga za glavnog zapovjednika je imenovan Nikola Jurišić, a za bana Petar Keglović (1537.-42) i Tomo Nadasdy (1537.-40.) Izmedu Ivana Zapolje i Ferdinanda je sklopljen velikovaradinski mir i Zapolja je priznat za kralja Ugarske. No to nije puno pomoglo Hrvatskoj i ona gubi Dubicu 1538. Godine 1540. Zapolja umire, ali to ne pomaže Hrvatskoj, jer Ferdinand se ne brine za obranu. Sulejman 1543. polazi u novi pohod i osvaja Valpovo, Orahovicu, Pakrac, a u Ugarskoj Pečuh i Ostrogon. 1547. sklopio je Ferdinand mir na pet godina. Nakon toga Hrvatska je izgubila još Viroviticu i Čazmu 1552. te Kostanjicu 1556. Ferdinada je zamijenio Maksimilijan (1564.-1576). Za vrijeme njegove vladavine bila je velika Bitka kod Sigeta 1566. kojeg je junački branio Nikola Zrinski; nažalost preostalo mu je samo da slavno pogine.
Maksimilijana nasljeđuje Rudolf II. (1576.-1608.) Za vrijeme njegove vladavine situacija za Hrvatsku se još više pogoršala; Hrvatska ima tri gospodara: kralja Rudolfa u Pragu, nadvojvodu Ernesta u Beču i nadvojvodu Karla u Grazu od kojih se nijedan ne brine za njezinu obranu. Za vrijeme Rudolfa II. Hrvatska je svedena na najmanji teritorijalni opseg ili kako se to obično naziva "reliquiae reliquiarum olim magni et regni Croatiae." Granica otprilike ide linijom Đurdevac,
Čazma, Sisak, Kupa. Rudolf je pokušao nešto učiniti za Hrvatsku pa je započeo s osnivanjem Vojne krajine. Najprije je to bila samo vojska na granici podijeljena na kapetanije, a oko polovice XVI. st. razlikuju se dvije krajine: Hrvatska od Kupe do mora i Slavonska izmedu Drave i Kupe te se sastoji od koprivničke, križevačke i ivaničke kapetanije. Krajina se nalazi pod upravom nadvojvode Karla od 1578. g. Iste godine kapetan Juraj Khevenhuller s banom Krstom Ungnadom je pošao u vojni pohod u Bosnu, ali su potučeni i granica je pomaknuta na Kupu. Na sreću Hrvatske za novog bana je 1583. g. imenovan Tomo Erdody (1583.-1595.) koji je napokon organizirao obranu te potukao Turke kod Slunja (1584. g.) i Ivanića (1586. g.). Uto je bosanski paša Hasan Predojević navalio na ostatke Hrvatske; najprije je opljačkao kraj oko Vrbovca i Božjakovine, zatim 1592. osvojio Bihać i sagradio novu utvrdu Petrinju, te napao Sisak kojeg je uspio obraniti zagrebački kanonik Mikac. U novoj 1593. g. paša je napokon odlučio osvojiti Sisak. Sisak su branila dva kanonika zagrebačka Blaž Đurak i Mate Fintić. Njima u pomoć su pritekli Toma Erdody, general Andrija Auersperg i pukovnik Rupreht Eggenberg. Oni su zajedno porazili 22. lipnja 1593. g. Tursku vojsku. Kad je u Carigrad dopro glas o porazu kod Siska sultan Murat III. objavio je rat Rudolfu II. i tako je započeo tzv. dugi rat (1593.-1606.). Slijedeće 1594. došao je Maksimilijan s vojskom u Hrvatsku i spojio se s Hrvatskom vojskom. Zajednička vojska odbacila je Turke sve do Une. Medutim, Maksimilijan umjesto da napreduje raspustio je vojsku i vratio se u Prag. Od značanjih dogadaja u Hrvatskoj treba spomenuti pobjedu kod Petrinje 1595. g. Također treba spomenuti Đuru Lenkovića koji je provalio sve do Zvornika, pomagao u napadu na Klis, koji je nažalost bio bezuspješan.
Nakon tzv. dugog rata slijedio je mir na ušću Žitve prema kojem je Hrvatska uspjela vratiti Petrinju, Moslavinu i Čazmu. Rudolfa II. je naslijedio Matijaš II. (1608.-1619.). Hrvatski staleži su smatrali da je mirom na Žitvi Hrvatsko-slavonska krajina nepotrebna ili ako se već mora održati da se vrati pod vrhovnu vlast bana. Hrvatsko poslanstvo na Saboru u Požunu tražilo je da se uklone svi strani vojni zapovjednici iz Krajine. Kralj Matijaš II. prihvatio je sve želje Hrvatskog sabora i za bana imenovao omiljenog Tomu Erdödyja (1608.-1614.), ali uza sva obećanja ostalo je ipak u Krajini sve po starom. Tako je nažalost Vojna krajina ostala još nekoliko stoljeća izdvojena iz hrvatske uprave.

 

Križevci početkom šesnaestog stoljeća propadaju. Tome su uzrok turske provale, slabljenje trgovine u smjeru sjever - jug, preusmjeravanje slavonske trgovine prema austrijskim zemljama. O procesu osiromašenja i depopulacije govore popisi poreznih jedinica. Propadanje se ogleda u smanjenju s 215 poreznih jedinica na 78 sredinom stoljeća. Nakon pada Čazme (1552.) Križevci se nalaze uz samu granicu. Uspostavljanjem granice u Križevce dolaze vojnici; 1553. g. bilo ih je oko 400. Krajem 16. st. Križevci su značajan vojni centar u Krajini. Iz njega se opskrbljuju oružjem i municijom Vrbovec, Gradec, Cirkvena, Đurdic, Žabno, Trema, Čvrstec. Nazočnost vojske donekle je ublažila gospodarsku krizu, jer se održavaju sajmovi za potrebe vojske. U dvanaestom mjesecu 1586. g. križevački kapetan uz pomoć bana pobijedio je Tursku vojsku kod Ivanića. S 3000 konjanika i 500 pješaka pošao je Ali-beg preko Marče i Vrbovca na Križevce. Ali je na sreću stigao tek do Preseke, naravno usput paleći i ubijajući. Protiv Ali-bega su krenuli ban Toma Erdödy sa svojim bratom Petrom, Herković sa svojom vojskom, te zapovjednici susjednih kapetanija Sekelj i Sumar. Prvi su, u strateški povoljnom trenutku, napali braća Erdödy. Ali-beg je poginuo, a s njim i pedesetak Turaka.
Do novog napada Turaka dolazi u listopadu 1591. g. Hasanpaša s oko 5000 vojnika prodire dolinom Glogovnice. Nakon što je spalio Guščerovec, pošao je na Božjakovinu (5. listopada) dan kasnije došao je do Lovrečine - grada. Protiv njega su krenuli križevački kapetani Grgur Laibacher i Mihael Sekelj. U bici je ubijeno 120 Turaka, zarobljeno pet topova i 72 vojnika te oslobođeno 400 zarobljenika. Turci su i nakon toga vršili pljačkaške napade.
No Turci nisu bili jedina nepogoda za Križevce i križevački kraj, tu je bila još i kuga koja je vladala u nekoliko navrata najžešće 1543. g. i 1599. g. Za obranu od Turaka grade se obrambene zidine. Gradnju možemo podjeliti u dvije faze: od 1553. g. do 1557. g. i druga od 1580. g. do 1590. g. U prvom razdoblju moderniziraju se stare utvrde, a u drugom popravljaju se zidine i grade gradska vrata. Glavni nadzornici za gradnju su Talijani koji i podnose glavna izvješća npr. Domenico de Lalio, Francesco Theobaldi, Salustio Peruzzi, Joseph Vintano i drugi.
U takvom nimalo povoljnom povijesnom okruženju rodio se treći hrvatski svetac Marko Križevčanin.